免费！靶基因预测分析已上线

不知老师们有没有遇到公司交付的结果中没有自己关注的miRNA靶标结果，或者想要研究关注的miRNA与其他序列的结合情况但苦于靶标预测需收费，且手头上没有合适工具。为此我们特地推出在线靶基因预测云分析，帮老师排忧解难！（云平台地址：https://www.omicstudio.cn/analysis/target_gene/create?analysis_id=4）

该工具选用认知度较高的动物靶标预测软件（Targetscan和Miranda）及植物靶标预测软件（PsRobot），提供我司靶标预测库供老师选择，仅需上传需预测的miRNA序列（15-26nt）即可一键分析，方便快捷。当然，它还不止有这些功能，接下来由我简单介绍下该工具。

结果展示

本工具可以根据老师提供的miRNA序列（一般为26个碱基长度以下，15个碱基长度以上）进行靶标预测并进行GO,KEGG富集分析。

① 提交的miRNA序列；

② 靶标预测结果，若仅有标题说明在目前条件下无靶标预测结果（后续可适当放宽阈值），若注释存在空白，表示该处无相应注释；

③ GO,KEGG富集结果表格；

④ 短序列与靶标配对结果；

⑤ 注释文件；

⑥ GO,KEGG柱状图及散点图

工具使用

1.上传miRNA数据

在上传您的数据前，老师需下载示例数据（点击下载图标），按照示例数据整理文件。

对于miRNA文件，我们提供三种输入文件格式，老师可通过示例下载查看三种格式（示例文件以压缩包形式下载）。对于TXT文本格式及EXCEL格式的miRNA文件，标题必须和示例保持一致。而FASTA格式文件必须一行为序列名称（以>开头），一行为序列。

注意：miRNA数目上限为500，超过该数目建议分批进行分析。

当您按示例文件整理好数据后，可点击“Browse”，选择正确的文件进行上传。

2.上传靶标数据

【靶标文件来源】提供三个选项（使用已有库，上传靶标文件(不含GO,KEGG,Symbol等注释)以及上传靶标和注释文件），满足老师不同需求。一般情况下，老师仅需在选择使用已有库后选择相应物种版本数据库进行靶基因预测分析（如Homo sapiens（物种学名）/Ensembl_v100（来源数据库及版本））。若已有库内没有老师想要的物种或老师想要研究miRNA是否靶向病毒序列等情况，老师可以选择上传靶标文件（若有注释文件可选择上传靶标和注释文件，注释文件需按示例整理）。

注意：选择我司提供的库数据时，植物和动物的物种靶基因预测库不建议混用。若您的物种为动物却选择了植物库，一般没有结果，分析会出错。

3.选择预测模式

根据物种选择正确的预测模式，若是真菌或细菌，可选择其宿主物种所属模式。动物模式是使用两款软件（Targetscan和Miranda）分别进行预测，老师可选择两款软件结果呈现模式。Targetscan软件一般阈值为50，该值越大可信度越高；Miranda软件一般阈值为-10，该值越小可信度越高。植物模式使用PsRobot软件进行预测，一般阈值为2.5，该值越小可信度越高。

4.结果下载

最后，老师可在个人中心→我的分析→靶基因预测中查看分析状态，分析状态为完成时，可通过下载按钮下载靶基因预测结果。

相关阅读